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目前引物合成基本采用固相亞磷酰胺y三酯法。該方法具有高效、快速的偶聯(lián)以及起始反應(yīng)物比較穩(wěn)定的特點(diǎn)。主要是將DNA固定在固相載體上完成DNA鏈的合成，由待合成引物的3'端向5'端合成延伸，相鄰的核苷酸通過(guò)3'→5'磷酸二酯鍵連接。

固相亞磷酰胺三酯法合成引物的具體步驟如下：

經(jīng)過(guò)以上四個(gè)步驟，一個(gè)脫氧核苷酸就被連接到固相載體上。重復(fù)以上步驟，直到所有要求合成的堿基連接完成。合成過(guò)程中可以監(jiān)控脫下的保護(hù)基團(tuán)DMT的顏色可以初步判定合成效率。

主要是合成過(guò)程中產(chǎn)生的少量失敗片段。

目前引物常用的純化方式有：C18脫鹽、RPC純化、ePAGE純化、PAGE純化、HPLC純化。