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TaqMan®SNP基因分型技術利用Taq聚合酶的5'核酸酶活性在PCR期間產(chǎn)生熒光信號。對于每個SNP，該分析使用僅在SNP位點序列不同的兩種探針，一種探針與野生型等位基因互補，另一種與變異等位基因互補。該技術利用FRET技術，將5'報告基因染料和3'淬滅染料共價連接至野生型和變異等位基因探針。當探針完好無損時，熒光會被抑制，因為淬滅染料位于報告染料的附近。在PCR退火步驟中，探針與目標SNP位點雜交。在PCR延伸過程中，由于Taq聚合酶的5'核酸酶活性，導致報告染料和猝滅染料被釋放，從而導致報告染料的特征熒光增強。核酸外切酶活性僅在完全雜交的探針上發(fā)生，因為含有錯配堿基的探針不會被Taq聚合酶識別。

在PCR反應結(jié)束時，將測量兩種報告染料的熒光信號。信號的比率將指示樣品的基因型（見圖）。